Dalam menjalankan perusahaan, Radja Opak Indonesia memiliki struktur organisasi yang terdiri dari komisaris, general manager (GM), manajer manufaktur, manajer pemasaran, dan manajaer keuangan. Komisaris bertugas sebagai pemimpin tertinggi dalam perusahaan dan bertugas mengawasi jalannya perusahaan secara berkala, mengevaluasi hasil perusahaan, dan menyetujui rencana kerja yang diajukan GM.
General manager merupakan pemimpin manajer-manajer dari setiap divisi. GM bertanggung jawab menyusun rencana kerja perusahaan, mengarahkan dan mengawasi seluruh pekerjaan yang telah di rencanakan, serta mengevaluasi hasil pekerjaan.
Manajer manufaktur bertanggung jawab atas seluruh mekanisme produksi yang meliputi pengawasan dan pengendalian proses produksi. Selain itu manajer manufaktur di Radja Opak Indonesia bertugas menentukan standar kualitas produk, melakukan pengontrolan stok bahan baku dan produk jadi.
Manajer pemasaran harus dapat melihat kesempatan atau peluang pasar dan menjalankan strategi agar produk Radja Opak dapat dikenal dan diterima pasar. Manajer pemasaran bertanggung jawab dalam menyusun rencana pemasaran, menciptakan hubungan baik dengan konsumen, menanggapi masalah dan permintaan konsumen, serta merencanakan dan memenuhi target penjualan.
Manajer keuangan memiliki fungsi kerja dalam merencanakan, memeriksa, mengelola, menganggarkan, dan menyimpan dana perusahaan. Manajer keuangan bertanggung jawab dalam mengambil keputusan yang berkaitan dengan pembelanjaan, pengeluaran biaya, investasi, arus kas, dan anggaran perusahaan. Selain itu wajib mengatur dan mengontrol keuangan perusahaan untuk memaksimalkan nilai perusahaan.